話の辻褄が合わない・話の筋が通っていないときの「意味が分かりません」
誰かが何かを説明していて、その説明の辻褄が合わない時や筋が通っていない、または矛盾している時はIt doesn't make senseと言います。これはかなりよく使う表現です。It doesn't make senseが否定文なので、That makes senseと肯定文になると「なるほど、分かった」「それは筋が通っている」となります。
What she said doesn't make sense.
(彼女が言ってたことは筋が通りません)
遠回しに言われすぎて相手の意図がよくわからない時の「意味が分かりません」
はっきりと何かを言わず、遠回しに伝えられて相手の言っていることの意図が分からない時、英語ではI don't get itと言います。あくまで聞き取れた上で意図が分からないということなので、聞き取れませんでしたの意味で使うことはないと思います。I don't get itのitの部分には理解できない相手の行動や理由などがくるのでI don't get what he's trying to say(彼が言おうとしていることが理解できません)などと言うことができます。
I don't get why he left the company.
(なぜ彼が会社を辞めたのか理解できません)
内容が難しすぎてちんぷんかんぷんの「意味が分かりません」
話の内容が難しすぎて「ちんぷんかんぷんでした」と言う場合は英語でover my headと言います。頭の上を超えていった→理解不能というイメージだと思います。Do you understand the new method?
It's over my head.
(ちんぷんかんぷんです)
話についていけないときの「意味がわかりません」
話についていけない時の言い方はいくつかありますが、no longer comprehendかlost someoneを使えば伝えることができると思います。no longerは「もはや〜ない」という今時点ではそうではないと伝えるときに使います。comprehendはしっかりと理解し合うという意味の理解するなのでno longer comprehendは「もはやしっかりと理解していない」となり話についていけないとなります。
I can no longer comprehend what she is saying.
(彼女の言っていることについていけなくなりました)
lost someoneは少し前から誰かを見失ったとなり、話し手の話についていけないとなります。時間の幅があるので現在完了形をつかってhave lost someoneにした方がいいかもしれません。
気を付けないければならないのは、someoneが話についていけない人になります。主語に話についていけない人にならないように気を付けましょう。
You've lost me at point 3. Could you explain again?
(ポイント3から話についていけなくなりました。もう一度説明してもらえますか?)
どこで分からなかくなったかを伝える時はatを使います。
見当が全くつかない時
ちょっと「意味が分かりません」とは話が逸れますが、全く見当がつかない時によく使う表現としてno clueがあります。I don't knowに近いかもしれません。I have no clue.
(ぜんぜん分からないわ(見当もつかないわ))